Этот индастриал-проект был основан в Чикаго в 1981 году кубинцем Элом Йоргенсоном (Al Jourgenson, p. 8 октября 1958, Гавана). В Штаты его привезла мать, когда он был еще ребенком. В Америке он иногда работал ди-джеем на радио, пока не присоединился к нью-вэйв группе SPECIAL EFFECT. Эта команда выпустила пару миньонов, а затем распалась. Тогда-то Эл и задумал организовать MINISTRY. В начальную конфигурацию, кроме него вошли басист Ламонт Велтон (Lamonth Welton) и барабанщик Стивен Джордж (Steven George). Дебютным релизом группы стал вышедший на небольшом лейбле Wax Trax сингл "Cold Life", чем-то напоминавший творчество HUMAN LEAGUE. В таком же ключе был сделан и первый полнометражный альбом "Work with Love", вышедший в США под названием "With Sympathy". Для его записи были приглашены следующие музыканты: басист Марти Соренсон (Marty Sorenson), вокалист Шэй Джонс (Shay Johns), гитарист Валтер Тарбетт (Walter Tarbett), Стивен Джордж, а также клавишники Роберт Роберте (Robert Roberts) и Джон Дэвис (John Davis).
Пластинка даже не попала в штатовский Топ 100. Йоргенсон разочаровался в музыке, которую тогда исполняли MINISTRY, плюнул на все, распустил команду и собрал новый проект, REVOLTING COCKS. В 1985-м он все-таки решил возродить MINISTRY и, будучи фактически единственным официальным членом группы, записал альбом "Twitch", значительно ужесточив саунд.
К 1987-м году Эл подобрал к себе в компанию следующих музыкантов: бывшего басиста FRONT 242 Пола Баркера (Pauil Barker), клавишника Роланда Баркера (Roland Barker) и барабанщика Вильяма Рифлина (William Riflin). Сам же Йоргенсон кроме обязанностей вокалиста взялся еще и за гитару. На следующих альбомах, "The Land Of Rape And Honey" и "The Mind Is A Terrible Thing To Waste", саунд еще утяжелился и стал более агрессивным. Уже на первом из них музыкантам удалось смешать энергию хэви-метал, ритмы индастриал-дэнс и агрессию панка. Во время тура в поддержку второго из этих альбомов был записан концертник "In Case You Didn't Feel Like Showing Up". В его записи принимали участие барабанщик Мартин Аткинс (Martin Arkins) и гитарист Вильям Такер (William Tucker). "Погостил" на нем и Джелло Биафра (Jello Biafra) из DEAD KENNEDYS.
Затем Йоргенсон опять увлекся сайд-проектами, кроме REVOLTING COCKS, участвуя в 1000 HOMO DJS, ACID HORSE и LARD.
Диск 1992-го года "Psalm 69" принес группе коммерческий успех, благодаря двум самым популярным трекам: "Jesus Built My Hot Rod" и "N.W.O.". В туре "Lollapalooza" того же года в составе MINISTRY появился гитарист Майк Скаччия (Mark Scaccia).
Когда группа перешла на лейбл WEA Эл из "старичков" оставил Баркера и Скаччия, а остальной состав обновил. Альбом 1996-го года "Filth Pig", включавший кавер-версию дилановской "Lay Lady Lay" стал самой продаваемой пластинкой MINISTRY, однако Йоргенсон вновь заморозил проект, перенеся свою деятельность в LARD. В 1999-м вышел сингл "Bad Blood", использовавшийся в качестве саундтрека к фильму "Матрица". За ним последовал альбом "Dark Side of the Spoon", название которого намекало на проблемы с наркотиками в MINISTRY. Кстати, из-за проблем с наркотиками в мае 1999-го окончил жизнь самоубийством гитарист Вильям Такер.
Далее последовала полоса неудач: группа была изгнана с WEA, ей было отказано в участии в фестивале Ozzfest, а лейбл Ipecac Records, пообещав выпустить три концертных альбома MINISTRY, не выпустил ни одного. После долгих мучений команда заключила контракт с Sanctuary, и наконец-то появился на свет очередной альбом, "Sphinctour".